Gromacs-GPU安装教程

1. 前置准备

cmake gcc cuda

为了保证良好的兼容性，我们选择cmake3.28.2 gcc11 cuda11.8

系统为Ubuntu24.04LTS 所有工具的安装路径为/home/Saber/tools

gcc 9.5 这是较为常用的版本

sudo apt-get install gcc-11 g++-11 make
# 更改默认gcc g++
cd /usr/bin
sudo ln -s gcc-11 gcc
sudo ln -s g++-11 g++

cmake3.28.2

下载链接cmake 3.28.2

如果需要下载其他版本，基本别下载为二进制版本。需要下载无后缀版本。

tar zxf cmake-3.28.2.tar.gz
cd cmake-3.28.2
./bootstrap --prefix=/home/Saber/tools/cmake3.28 -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF
make -j
make install

添加环境变量vim ~/.bashrc

export PATH=$PATH:/home/Saber/tools/cmake3.28/bin

cuda11.8

下载链接[CUDA](CUDA Toolkit 11.8 Downloads | NVIDIA Developer) 由于我是在WSL2上安装，我使用如下命令安装

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.8.0/local_installers/cuda_11.8.0_520.61.05_linux.run
sudo sh cuda_11.8.0_520.61.05_linux.run

会弹出很多框框，所有的默认最不容易出bug。直接安装在/usr/local下就好了。

添加环境变量vim ~/.bashrc

export PATH=/usr/local/cuda-11.8/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.8/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

可选的安装

openmpi fftw

openmpi用于多机运算,。如果你涉及到多机上使用，建议安装。

下载链接openmpi

tar -jxvf openmpi-4.1.6.tar.bz2
cd openmpi-4.1.6
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/home/Saber/tools/openmpi4.1.6
make
make install

环境变量配置

MPI_HOME=/home/Saber/tools/openmpi4.1.6
export PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:$MANPATH

fftw是快速傅里叶计算库，这里我们使用gromcas自动的下载，如果网络不好建议提前安装

下载链接fftw3.3.8

tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/home/Saber/tools/fftw3.3.8 --enable-sse2 --enable-avx --enable-avx2 --enable-avx512 --enable-float --enable-shared
make
make install

环境变量配置export PATH=$PATH:/home/Saber/tools/fftw3.3.8/bin。建议跳过，先尝试自动构建。

2. 安装Gromcas-GPU

这里使用的是Gromcas2024.5版本。

下载链接Gromacs

解压并创建build文件夹

tar zxf gromacs-2024.5.tar.gz
cd gromacs-2024.5
mkdir build
cd build

关键！！！

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/Saber/tools/gromacs2024.5 \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \ #网络不好会报错
-DGMX_GPU=CUDA \
-DGMX_MPI=ON -DCMAKE_C_COMPILER=/home/Saber/tools/openmpi/bin/mpicc \ # hpc上使用
-DCMAKE_CXX_COMPILER=/home/Saber/tools/openmpi/bin/mpic++

单机只需要

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/Saber/tools/gromacs2024.5 \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
-DGMX_GPU=CUDA

确定没有任何错误后，进行

make
make install

在bash中添加bin/GMXRC的内容。

. /home/Saber/tools/gromacs2024.5/bin/GMXRC.bash

大功告成！！！